Untuk masa bakti Oktober 2003 hingga Oesember 2006, ada 18 anggota Komisi Paripurna yang terdiri dari 10 anggota yang melanjutkan masa bakti dari periode sebelumnya dan 8 anggota baru yang mulai bergabung. Sejak tahun ini, masa kerja para anggota Komisi Paripurna adalah tiga tahun, dengan peluang diperpanjang satu kali masa kerja. Ketika masa bakti 2003-2006 dimulai, Komnas Perempuan bekerja atas dasar mandat yang tertera pada Keputusan Presiden Nomor 181 Tahun 1998 tentang Komisi Nasional Anti Kekerasan terhadap Perempuan. Menjelang tahun terakhir masa bakti ini, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono memperbaharui landasan hukum tentang keberadaan Komnas Perempuan ini dengan Peraturan Presiden Nomor 65 Tahun 2005. Tidak ada perbedaan substantif yang mendasar antara kedua produk kebijakan ini, kecuali penyelarasan kecuali penyelarasan kelembagaan Komnas Perempuan dengan standar Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara.
